Morton, Kapitän des Forschungsschiffs Poseidon, ist nach einer siebenmonatigen Expedition mit seiner erschöpften Mannschaft auf der Rückfahrt nach Boston, als das Schiff einen zerstückelten Hilferuf aus dem nördlichen Eismeer empfängt. Morton ändert den Kurs und stößt auf einen gewaltigen Eisberg, der ihm unheimlich und bedrohlich vorkommt. Umso näher sie dem Ungetüm im Wasser kommen, umso mehr macht sich auch bei der Crew ein immer aggressiver werdendes Verhalten bemerkbar. Auf dem Eisberg findet Morton einen Überlebenden, der scheinbar dem Wahnsinn verfallen ist und wie ein Wikinger gekleidet mit einer Axt auf seine Retter losgeht. Mehrere Besatzungsmitglieder verlieren bei dem Einsatz ihr Leben und die Entdeckung, die Morton im Inneren des Eises macht, ruft die U.S. Regierung auf den Plan.

Der Überlebende stellt sich als der deutsche Wissenschaftler Professor van Hesling heraus und die Regierung des Deutschen Reichs ist sehr daran interessiert, den Rest seiner ursprünglichen Expedition aufzuspüren. Gemeinsam mit den Amerikanern wird eine neue Expedition zurück zum Eisberg geplant, bei der man unbedingt auch Doktor Jones dabeihaben will. Obwohl man ihm nicht verraten kann, was die Poseidon auf dem Eisberg gefunden hat, lässt er sich letztendlich doch dazu überreden, die anderen Forscher zu begleiten.

Schon der Weg zum Eisberg wird zum gefährlichen Abenteuer. Professor van Hesling ist noch immer nicht ganz bei Verstand und eine Gefahr für sich und andere. Unter den Mitgliedern der Forschungsreise scheint sich ein Spion zu befinden und auch der Regierungsbeamte, der die Leitung übernommen hat, verschweigt den Teilnehmern etwas.

Indiana Jones und das Schiff der Götter besitzt einen recht langatmigen Erzählstil bei dem Szenen scheinbar endlos in die Länge gezogen werden. Dazu kommt, dass Wolfgang Hohlbein erneut versucht den Leser und Jones möglichst lange nicht wissen zu lassen, worum es bei diesem Abenteuer eigentlich geht, indem er ihm immer wieder Informationen verweigert. Dadurch kann jedoch einfach keine Spannung aufkommen. Indiana Jones-Romane und Filme basieren meist auf der Jagd nach einem Artefakt, das zum einen faszinierend ist und dem Indiana Jones immer wieder nahe kommt. Es wird ihm und den Leser wie eine Karotte vor die Nase gehalten und wieder weggenommen. Dadurch entstehen die Spannung und die rasanten Momente und das fehlt hier. Immerhin wird das Buch gegen Ende noch besser und klärt einige Dinge auf. In dieser Hinsicht ist es gelungener als der vorherige Band Indiana Jones und die Gefiederte Schlange. Leider dauert es bei diesem nun umfangreicheren Werk lange bis dies geschieht. Der Charakter der Hauptfigur wurde erneut nicht getroffen.